一、甘肃省重点实验室(3个)

甘肃省消化系肿瘤重点实验室

甘肃省泌尿系疾病重点实验室

甘肃省骨关节疾病研究室重点实验室

二、国家药物临床试验机构

三、兰州大学第二医院研究所(6个)

泌尿外科研究所             骨科研究所                 神经病学研究所

消化系肿瘤研究所           肝胆胰外科研究所            血液病研究所

四、兰州大学第二医院研究室(53个)

普通外科研究室        心脏外科研究室        微创外科研究室     胸外科研究室             

儿科研究室            超声医学研究室        血管外科研究室     眼科研究室               

耳鼻咽喉研究室        口腔病学研究室        妇科研究室         产科研究室               

整形外科研究室        麻醉学研究室          神经内科研究室     呼吸病研究室             

消化病研究室          肾病研究室            心血管病研究室     心理卫生研究室

内分泌代谢疾病研究室  皮肤病学研究室        肝病研究室          风湿病研究室             

疼痛研究室            急诊医学研究室       传统医学研究室      老年病学研究室           

危重病学研究室        介入放射医学研究室    放疗医学研究室      伽玛刀治疗医学研究室     

肿瘤学研究室          综合内科学研究室      康复理疗研究室      高压氧科学研究室         

感染科学研究室        护理学研究室          放射影像学研究室    药物基因组学研究室

临床药学研究室        检验医学研究室        核医学研究室       临床病理学研究室         

输血医学研究室        功能检查医学研究室    人文医学研究室      健康教育研究室           

医学教育研究室        卫生经济研究室        遗传学研究室        流行病学研究室           

包虫病研究室

五、中心实验室

六、动物实验中心